（一）辦公室

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作，承擔政務信息、機要保密、政務公開、后勤服務、督查督辦、目標考核、新聞宣傳工作；負責管理機關規章制度建設；負責本系統黨建、紀檢、組織人事、機構編制、統戰、群團、離退休人員管理等工作；負責本系統思想政治教育、精神文明建設、宣傳教育；處理和督辦人大代表建議、政協提案。

（二）外經貿科

擬訂全區外經貿發展政策，統計匯總外經貿相關數據、分析國內外進出口形勢和全區進出口狀況，及時提出對策建議并組織實施；負責全區外經貿企業申報各類外經貿支持政策，審核落實扶持資金；負責組織區內企業參加境內外展銷博覽會等外經貿活動；負責協調推進有關世界貿易組織、進出口公平貿易等工作；指導全區外經貿企業開展境外投資、對外勞務合作、工程承包工作；推進服務外包、技術進出口、軟件進出口等重點服務貿易領域工作。

（三）安全保供科

負責全區商貿領域統計監測和運行分析，調查分析商品供求狀況、價格信息，進行預測預警和信息引導；擬訂本區重要生活消費品和重要商品應急保供預案并組織實施，負責落實重要商品儲備制度；承擔突發性災害和突發性事件重要商品保供應急工作；負責指導商貿服務業安全生產工作，配合有關部門做好商貿服務業安全生產監督管理工作；負責職責范圍內行業領域安全生產違法行為的行政處罰；負責再生資源回收、報廢機動車回收拆解、酒類流通等行業的監督管理；負責成品油經營、儲存日常安全監督管理；負責機關行政審批、行政許可相關工作；負責安全穩定工作。

（四）統計財務科

負責匯總商務系統相關數據和發布；負責協調和管理商貿領域各類業務資金；負責本系統內部審計；負責機關和所屬事業單位部門預算、決算和會計核算工作，監督跟蹤專項資金的預算執行情況；指導、監督國有資產管理、內控制度建設等工作。

（五）商貿發展科

負責擬訂和實施商務發展戰略、發展規劃、行業規劃；牽頭制定商品市場發展及商業網點規劃，指導商業流通主體轉型升級，創新商業模式；指導商圈、商品市場、特色街、夜市等商業設施建設和管理，推進城市社區商業優化發展；引導和促進農村流通和市場建設；指導大宗商品批發市場建設；統籌商貿領域消費促進工作。

（六）市場流通科

負責擬訂規范流通秩序的措施，負責重點等行業和重要商品的行政執法、商務舉報投訴受理、行業監督綜合執法的協調，參與打擊商業欺詐等工作；負責推動商貿領域誠信體系建設，負責單用途商業預付卡等信用銷售工作規范管理；負責拍賣、舊貨流通、散裝水泥等行業的監督管理；協助推進連鎖經營、代理、直銷、特許經營等；負責“老字號”發展與保護工作；負責指導生活服務業發展。

（七）自貿建設科

負責組織落實國家賦予自貿試驗區改革試點任務，推動新增企業和利用外資重大項目落戶，負責自貿試驗區建設有關宣傳、統計和信息報送工作，建設自貿試驗區實體展示區；負責利用外資重大項目對接、跟蹤和落實工作；負責外商投資統計工作；負責監督、檢查外商投資企業執行有關法律法規情況；負責提供政策咨詢、投訴協調等協調性服務工作；牽頭全區中新（重慶）戰略性互聯互通示范項目工作。

（八）電子商務科

負責制定和實施電子商務發展相關政策、措施及電子商務相關標準及規劃，并組織實施；牽頭推進商貿行業電子商務應用；負責推進跨境電子商務發展，推進電子商務示范基地建設；負責城鄉物流配送體系建設、電商物流等工作。